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En esta página se encontrarán contenidos de los temas en los que me he estado especializando a lo largo de los años, espero les sea de interés.
 
Bioenergética parte 1

BIOQUÍMICA PARA TODOS

Introducción

Me gustaría dar la bienvenida a todos quienes emprenden un viaje más que fascinante en este mundo de la Biología.

Nosotros, los organismos vivos estamos compuestos por órganos y esos órganos a su vez por tejidos, y dichos tejidos a su vez por células. ¿Pero cómo puede ser que estas células sean capaces de llevar a cabo distintas funciones? ¿Por qué respiramos? ¿Por qué nos cansamos? ¿Por qué nos mareamos al consumir alcohol? ¿Por qué tenemos que comer y beber? ¿Qué pasaría si nos alimentamos únicamente de ajo y pan?... seguramente muchos nos hemos hecho estas preguntas y se nos han resuelto parcialmente durante la educación básica, pero ¿cuál es la base bioquímica de todos estos procesos biológicos?, esa es la pregunta que me gustaría ir respondiendo a lo largo de esta serie de artículos.

 

BIOENERGÉTICA

Nuestras células captan aquellas sustancias que pueden resultar útiles (nutritivas) para ellas, las transforma y saca intermediarios; al mismo tiempo obtiene energía útil. Esta energía útil puede ser utilizada para el trabajo mecánico como en la contracción muscular.

 

A cambio de ello, el organismo devuelve al medio externo más materia (productos de desecho) y calor (esta energía no se puede transformar en trabajo, pero puede resultar útil para otros procesos como el despertar de los animales hibernantes. Lo veremos en un capítulo más adelante, cuando hablemos de la cadena transportadora de electrones).

Hay organismos que captan estos productos de desecho como nutrientes y los transforman en otros productos de desecho que a su vez, terminarán siendo nutrientes para otros organismos vivos completando así varios ciclos.

Recordemos que la materia no se crea ni se destruye, sólo se transforma.

 

En esta materia entra muchísimo el tema de la Termodinámica y la Física a distintos niveles de dificultad, pero como esto piensa ser un artículo divulgativo, únicamente mencionaremos los puntos más importantes.

Como comentamos antes, durante estas transformaciones de nutrientes en productos de desecho, se libera energía útil y no útil para el organismo. La energía útil se utiliza para realizar trabajo y cuando ésta sobra, se puede almacenar; la no útil se pierde en forma de calor. Para que un compuesto pueda transformarse en otro, la reacción debe ser espontánea; eso significa, que debe ser posible sin tener que aplicar trabajo externo.

 

Como por ejemplo, en un río, el agua bajará espontáneamente pero nunca subirá (a menos que apliquemos un trabajo) ya que hay una serie de limitaciones explicadas por las leyes de la Física.

La explicación en termodinámica de un proceso espontáneo es la siguiente: Un proceso espontáneo es la evolución en el tiempo de un sistema en el cual se libera energía libre, usualmente en forma de calor. Un proceso espontáneo irá siempre en una dirección sin que haya una fuente externa de energía.

Hasta aquí nos vamos a detener en este tema ya que en realidad es muchísimo más complejo de lo que trato de explicar aquí.

 

En los sistemas biológicos, muchas de estas reacciones espontáneas pueden tardar muchísimo tiempo en poder realizarse; inclusive cientos de años (eso no quita que el proceso sea espontáneo), pero hay una serie de compuestos que actúan como aceleradores de dicha reacción pudiendo hacer que un compuesto pase a su producto final en milésimas de segundo.

 

Tengo que hacer énfasis de que estas moléculas no cambian la naturaleza termodinámica del sistema, esto quiere decir que si un proceso no es espontáneo, por más compuesto que se le añada, no podrá dar el producto final. Únicamente es una aceleración del proceso que podría tardar cientos o miles de años.

Estos compuestos que son capaces de acelerar la transformación se les denomina catalizadores. Estos catalizadores llevarán al sustrato a una conformación más inestable (lo que los físicos llaman, elevar la energía de activación) y por tanto, más reactivo acelerando la velocidad de reacción.

 

Veremos muchas de estas reacciones en Bioquímica. Si queremos juntar dos moléculas y esa unión es espontánea, al menos una de ellas tiene que adquirir una conformación más inestable para poder reaccionar con la otra y así unirse finalmente. Las enzimas catalizan estas reacciones aportando un microambiente apropiado para la aceleración de estas reacciones (y repito) espontáneas.

 

En el siguiente capítulo veremos algunas de estas reacciones y por qué son tan importantes para el organismo vivo.

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REFERENCIAS:

Alberts, Johnosn, Lewis, Raff, Roberts, Walter. Molecular Biology of the Cell. 2002.

Lodish, Berk, Kaiser, Krieger, Scott, Bretscher, Ploegh, Matsudaira. Molecular Cell Biology. 6th edition, 2008.

C. Branden, J. Tooze. Introduction to Protein Structure. 2nd edition, 1999, Garland Ed.

D. L. Nelson, M. M. Cox. Lehninger Principles of Biochemistry. 5th edition, 2008. Ed. Freeman; 19-26.

Voet, Voet. Bioquímica 3rd edition, 2006. Ed. Médica Panamericana; 55-61

 
Premio

El trabajo titulado

Elaborando un sistema de diagnóstico inteligente: riesgos y ventajas

Ha obtenido PREMIO a la mejor omunicación científica en las

Vi JORNADAS COMPLUTENSES, V CONGRESO NACIONAL DE INVESTIGACIÓN PARA ALUMNOS DE PREGRADO EN CIENCIAS DE LA SALUD Y X CONGRESO DE CIENCIAS VETERINARIAS Y BIOMÉDICAS


 
Biomatemática

He desarrollado un nuevo programa para solucionar los sistemas homogéneos para los modelos lineales del crecimiento de dos o más poblaciones.

Resolución de matrices, operaciones con matrices, cálculo de determinantes, verificación de valores propios y vectores propios.

 

Para descargarlo, contactar dando clic aquí y espeficicando en el mensaje que se solicita el programa.

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Mapa geológico de la Comunidad de Madrid

Este trabajo surgió como una propuesta del profesor Fernando García Joral para conocer mejor la geología de nuestro pueblo de origen.

En mi caso, el ser imposible realizar un viaje de más de siete mil kilómetros para obtener unidades geológicas y sacar fotografías, he recurrido a la idea de trabajar todo el área de la Comunidad de Madrid.
Lo resultados han sido sorprendentes, muy interesantes y concluyentes. Se han identificado quince unidades, en una visión global del mapa se pueden ver tres secciones; además de las cuatro unidades separadas para una mejor apreciación.

Se puede encontrar también catalogado en la bilbioteca de la Facultad de Ciencias Geológicas de la Universidad Complutense de Madrid.

http://www.ucm.es/BUCM/blogs/laboratorio/1440.php

 

 

 
Microbiología e Inteligencia Artificial

Microbiología e Inteligencia Artificial

Angélica Inés Partida Hanon

 

Telicom Vol.XXII, No2. 2009
ISSN: 1087-6456  

 

Resumen: Demostraremos la utilidad que tiene la Inteligencia Artificial en el campo de las Ciencias Biológicas. Se construirá una base de conocimientos que contendrá las claves dicotómicas utilizadas por los taxónomos para determinar una bacteria problema.
¿Cómo sería posible que una máquina sea capaz de llevar a cabo la labor de un investigador en el momento de determinar una bacteria problema? Desde un enfoque simple, responderemos esta cuestión a partir de las siguientes vías planteadas: razonamiento por parte del sistema experto, y reconocimiento de patrones por parte de la red neuronal artificial.
Palabras clave: Sistemas Expertos, Inteligencia Artificial, Redes Neuronales, Microbiología, Bioinformática.

 Staphylococcus aureus

Abstract: We’re going to find out how important and interesting can be Artificial Intelligence in Biology. We’re going to build a knowledge-base that is going to have all the dichotomous keys to identify a problem bacterium.
How can be a machine capable of doing the investigator’s work identifying a bacterium? From a simple way, we’re going to ask this question in next two ways: human reasoning by the expert system and image recognition by the neural network.
Keywords: Expert Systems, Artificial Intelligence, Artificial Neural Networks, Microbiology. Bioinformatics.

 

INTRODUCCIÓN

Al inicio de este proyecto se ha demostrado la utilidad de un área en la IA, que es el uso de sistemas expertos. Hemos desarrollado un sistema que determina bacterias siguiendo el razonamiento que seguiría un Microbiólogo especializado, pero nos hemos cimentado hasta este momento en la obtención de una respuesta en base a una serie de premisas. Nuestro planteamiento ahora es el siguiente:

¿Cómo se podrá obtener por métodos Bioinformáticos el reconocimiento de patrones para la identificación de la morfología de una bacteria o una colonia?

¿Cómo podremos asegurar que nuestro sistema sea capaz de aprender a reconocer nuevos patrones?

Hasta aquí hemos llegado a plantearnos, se ha podido realizar un experimento un tanto abstracto para demostrar cómo sería el proceso de aprendizaje de una Red Neuronal Artificial, la cual es capaz de resolver los planteamientos anteriores.

En nuestro ejemplo de Red Neuronal Artificial (RNA) podríamos definir un modelo de dos capas: La que agrupa las neuronas de entrada y las de salida.

Las de entrada se encargan de recibir la información, mientras que las de salida nos muestran un resultado en base al procesamiento de la información de entrada antes obtenida (en otros modelos de RNAs se puede incluir una capa intermedia que se encargue del procesamiento de la información). El objetivo final es que en base a una serie de datos introducidos, la red sea capaz de reconocer el patrón completo sin llegar a equivocarse.

 

Descargar artículo completo. (En inglés)

 
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     La Probabilidad y Estadística es el jamón ibérico en las Matemáticas